Pro lesní ekosystémy jsou významným procesem disturbance - narušení stromového patra na malých až velkých plochách. Nejedná se pouze o velkoplošné disturbance, které jsou typické pro boreální lesní ekosystémy, případně o horské lesy temperátní zóny (Kindlmann et al. 2012). Lesy v nižších až středních nadmořských výškách střední Evropy se po několik tisíciletí vyvíjely pod vlivem lidské činnosti. Postupně tak vzniklo lesní hospodářství, které bylo charakteristické relativně řídkými a světlými porosty, častým odstraňováním "jemné" biomasy a spontánní obnovou. Těžba dřeva probíhala výběrně (Dreslerová 2012). Na takové hospodaření se adaptovala celá řada druhů. Současné lesní hospodářství však tyto postupy zcela opustilo. Současné lesní porosty s vysokým zápojem neumožňují dlouhodobou a trvalou existenci řady druhů, které bývaly běžné za podmínek klasického hospodářství. Proto je vzhledem k potřebě zachování vysoké úrovně biodiversity znovu zavést na malé části plochy lesů (v chráněných oblastech) některá pěstební opatření, která budou v souladu se zmíněným klasickým hospodářstvím (nestandardní hospodářské postupy). Taková opatření mají většinou za cíl prosvětlit stromou etáž (v lesnické terminologii snížit zakmenění) Tím totiž v ploše lesa vznikají stanoviště, která mají charakter ekotonu - přechodu mezi lesem a bezlesím. Jak je známo, právě takové ekotony jsou vysoce významné z hlediska zvýšení biodiversity. Typickým příkladem jsou ptáci, kteří zde nacházejí příhodná hnízdiště i zdroje potravy (Gram et al. 2003). Proto i na lesní okraje se soustředily různé studie (např. Siitonen et al. 2005). O mnoha druzích je známo, že velmi citlivě reagují na zastínění a zápoj - jako modelový druh můžeme uvést Primula veris (Lehtila et al. 2006), u něhož byl rovněž sledován vztah k managementu.
Odlišná situace je v lesích vyšších až středních nadmořských výšek, které se historicky vyvíjely spontánně, bez vlivu člověka. Tam lze za specifická opatření považovat především ponechání lesa samovolnému vývoji (Kindlmann et al. 2012) a přírodě blízké hospodaření, které simuluje stav lesního ekosystému v různých fázích takzvaného malého vývojového cyklu.
Dosud se v lesích chráněných území navrhují převážně takzvaně přírodě blízké způsoby hospodaření, tedy tvorba bohatě strukturovaných lesů a lesů výběrných (Vacek et al 2007, Košulič 2010). Tyto postupy se však nehodí ve všech případech. Zvláště pro ochranu druhů náročných na světlo může být jejich uplatnění kontraproduktivní, protože v běžných hospodářských lesích s diversifikovanou vertikální porostní strukturou bývá zpravidla maximální zaplněnost porostního prostoru listovou plochou a množství světla pronikajícího až k půdnímu povrchu je minimální.
Hospodaření v lesích chráněných území, tedy i v územích Natura 2000, musí mít specifický charakter. Příklady dobré praxe uvádějí například stránky EUROPA (2014). Specifické postupy hospodaření bývají obsaženy i jako návrhy v plánech péče. Dosud však schází ucelený popis těchto postupů a jejich (pokud možno) všestranné vyhodnocení. Například publikace Míchal, Petříček et al. (1999) uvádí pro lesy pouze velmi málo nestandardních opatření, která by vedla ke zvýšení biodiversity - příkladem mohou být pařeziny. Mnoho dalších praktik je zmiňováno v rámci diskusí specialistů ochrany přírody (Matějka 2014).
Pro hodnocení biodiversity bývají v současnosti vybírány specifické skupiny druhů, které reagují nastav ekosystému více či méně známým způsobem a jsou pro fungování zkoumaných ekosystémů významné z hlediska funkce. Takové druhy (skupiny druhů) bývají označovány jako indikátory (např. Bani et al. 2006) nebo jako "umbrella species" (též Branton et Richardson 2011, Roberge et Angelstam 2004, Suter et al. 2002). V tomto světle byly v rámci tohoto projektu navrženy pro sledování cévnaté rostliny (vegetace), půdní pancířníci (Oribatida; jako druhy s nízkou pohyblivostí a vysokou indikační schopností; přehled jejich významu pro dva ochranářsky významné regiony - Šumavu a Krkonoše byl zpracován například v práci Starý 2008), epigeičtí brouci (např. Heliola et al. 2001, Boháč et al. 2006) a makromycety (např. Lepšová 2008). Takové skupiny indikátorů bývají užívány v lesních ekosystémech i pro hodnocení vlivu managementu (Paillet et al. 2010).
Projekt se bude doplňovat stávající systém znalostí týkajících se hospodaření v lesích chráněných území, tedy i v územích Natura 2000 (viz např. Finanční nástroje péče o přírodu a krajinu). Přestože o vztahu mezi biodiversitou a managementem lesů je toho známo již mnoho (např. Niemela 1997, Forkner et al. 2006, Gram et al. 2003), potřebné je navrhnout a vyhodnotit užití "nestandardních pěstebních opatření". Hlavním cílem projektu je vytvořit katalog nestandardních opatření v lesích, který bude obsahovat popis jednotlivých opatření, možnosti jejich aplikace (rozhodnutí o uplatnění na základě vybraných podmínek), metodiku provádění, vyhodnocení vlivu na biodiversitu, vhodnost aplikace v rámci druhové ochrany, ochrany vybraných ekosystémů a ochrany přírodních procesů a vyhodnocení vlivu na produkční schopnost lesního porostu. Příklad území s vhodným uplatněním, případně území, kde se již uplatňuje. Pro zvláště významná opatření bude vytipován demonstrační objekt, který bude do budoucna sloužit pro podrobné sledování.
Příklady opatření, které budou součástí katalogu: