Viz též Databáze - vazba tabulek, Jak nastavit vazbu mezi tabulkami
Struktura databáze je dána systémem tabulek (vždy v jednotném formátu - buď dBase / FoxPro [DBF] nebo Paradox [DB]) a vazbami mezi těmito tabulkami. Každá tabulka obsahuje sloupce - atributy tabulky a řádky - záznamy.
Standardní (základní) struktura databáze pro program IsoEnz je zobrazena na následujícím přehledu:
Tabulky jsou označovány číselným indexem počínaje hodnotou 0 (označení T0), přičemž každá tabulka je v programu IsoEnz zobrazována na příslušném listu. Program používá vždy minimálně čtyři tabulky T0 až T3.
Program často používá úplná jména atributů, která se skládají z označení tabulky a vlastního jména atributu, například atribut RF2 v tabulce T3 má úplné jméno T3.RF2
Skladba dalších atributů tabulky T3 je dána potřebami programu SeqAn, který je použit pro statistickou analýzu měřených hodnot.
Atributy ID jsou jednoznačnými celočíselnými identifikátory záznamu v dané tabulce (například ID1 jednoznačně identifikuje záznam v tabulce T1). Při vytváření nového záznamu v tabulce je příslušný ID atribut generován automaticky.
Směr vazeb (šipek v uvedeném příkladu) je možné měnit, případně jednu nebo více vazeb vynechat, čímž vzniká jiný pohled na danou databázi. Odlišné pohledy lze například použít při zapisování nových záznamů do databáze a při zpracovávání již obsažených dat nebo při jiném prohledávání databáze.
Při tvorbě systému vazebních podmínek je potřebné dbát na to, aby orientovaný graf, jehož uzly jsou tabulkami a hrany vazebními podmínkami neobsahoval žádný cyklus. Rovněž je zakázáno, aby jedna řízená tabulka měla při aktivní vazbě více než jednu řídící (master) tabulku.