V menu programu Nastavení > Načíst soubor klasifikace druhů je umožněno načtení textového souboru, kde jsou údaje o klasifikace druhů. Musí se jednat o soubor, kde na každém řádku jsou postupně dva údaje - třída klasifikace a jméno druhu tak, jak je používáno na listech E0 až E3), údaje jsou odděleny tabulátorem.
Klasifikaci druhů lze využít ke dvěma účelům:
Třdění druhů v tabulce - viz Editace souboru snímků.
Výpočet Rao koeficientu funkční diversity - viz Výpočet diversity.
Nejčastěji je užívána hierarchická klasifikace, která data uspořádává do binárního stromu. Nejvýše postavený uzel stromového grafu odpovídá třídě klasifikace na hladině 0, která spojuje všechny klasifikované objekty - druhy). Tato třída může být označena například znakem *. První hladina klasifikace obsahuje tedy dvě třídy klasifikace - ty mohou být označeny *0 a *1. Pro každou další hladinu je počet možných tříd dvojnásobný a v označení každé třídy postupně přibývá jeden znak 0 nebo 1. Tímto způsobem třídí a označuje objekty například procedura TWINSPAN (Hill, 1979). Výsledná třída může tedy být zapsána ve formě *01101.
Obecně může libovolný textový řetězec označovat klasifikační třídu a tu použít k třídění druhů, nelze ji však použít k výpočtu modifikovaného Rao koeficientu (viz Výpočet diversity).