Program FotoOverlay používá různé typy dat, které odpovídají souborům lišícím se svou příponou.
JPG - Obraz uložený v souboru typu JPEG. Tento typ je často používán digitálními fotoaparáty. Vzhledem k tomu, že používá ztrátové komprese, doporučuje se jeho použití pouze při nastavení nejvyšší úrovně kvality obrazu.
JGW - Textový soubor s údaji o souřadnicovém umístění rastru formátu JPG a o velikosti pixelu. Soubor má stejné jméno a umístění jako příslušný rastr.
TIF - Obraz uložený v souboru typu TIFF. Data mohou být nekomprimována nebo komprimována (většinou neztrátově). Jedná se rovněž o častou formu obrazových dat v digitální fotografii.
TFW - Textový soubor s údaji o souřadnicovém umístění rastru formátu TIF a o velikosti pixelu. Soubor má stejné jméno a umístění jako příslušný rastr.
BMP - Obraz uložený v souboru typu Windows bitmap.
BPW - Textový soubor s údaji o souřadnicovém umístění rastru formátu BMP a o velikosti pixelu. Soubor má stejné jméno a umístění jako příslušný rastr.
FOD - Binární soubor s daty měření. Soubor má zpravidla jméno odpovídající rastrovému souboru se zpracovávaným obrazem. Viz též Uložení a načtení dat měření
CSV - Textový soubor s hodnotami oddělenými středníkem. Do souborů s touto koncovkou je možno expostovat data s vlastnostmi kreslených objektů (bodů a linií).
V adresáři, kde je nainstalovaný program FotoOverlay jsou ukládána Data vztahující se k vlastnímu programu jsou ukládána do podadresáře FotoOverlay v adresáři, kam operační systém Windows standardně ukládá uživatelská data aplikací - u Windows XP to je zpravidla adresář C:\Documents and Settings\[jméno uživatele]\Local Settings\Data aplikací\FotoOverlay, ve Windows 7 se jedná o adresář C:\Users\[jméno uživatele]\AppData\Local\FotoOverlay.
FotoOverlay.ini - textový soubor s naposledy použitým nastavením programu.
ImgPosition.dat - binární soubor s daty kalibračních standardů. Tyto standardy jsou definovány v průběhu měření (viz Lišta nástrojů pro měření) nebo mohou být přímo editovány příkazem Manage calibration standards z menu v hlavním okně aplikace.