Viz též Menu, Konfigurace systému a používané soubory, Porovnání více gelů
Pokud je prováděn porovnávací experiment pro vyhodnocení isoenzymů skupiny jedinců na více gelech, je důležité opakování vzorků volit tak, aby všechny gely v rámci dané skupiny gelů byly navzájem porovnatelné, což je možno zajistit náhodným umístěním vzorků na jednotlivých gelech. Současně se vzorky může být na každý gel umístěn jeden až několik vzorků univerzálního standardu. Vytvořit skupinu gelů s jednotlivými vzorky umístěnými v určitých pozicích na těchto gelech znamená navrhnout design experimentu.
Návrh designu je možno generovat pomocí menu Zpracování > Generovat skupinu gelů. Zabudovaná procedura zajistí, že
daný počet vzorků univerzálního standardu bude umístěn náhodně na každém gelu tak, že jimi nebudou obsazeny krajní pozice na gelu a jiné pozice nebudou preferovány;
průměrná vzdálenost vzorků univerzálního standardu odpovídá celočíselné části podílu Size/n, kde Size je velikost gelu a n je počet vzorků univerzálního standardu (minimalizováno je nahloučení standardů v určité části na libovolném gelu);
vzorky budou na gelech umístěny náhodně;
umožňuje-li to rozsah experimentu, budou stejné vzorky umístěny na různých gelech v různých pozicích.
Pro použití této procedury by měly být splněny následující předpoklady a provedena nastavení:
Tabulka gelů (T2) musí obsahovat atribut pro označení skupiny gelů, obdobně jako při Porovnání více gelů.
Vytvoříme SQL dotaz pro výběr (zpravidla z tabulek T0 a T1) takový, aby vracel minimálně úplný identifikátor stromu - viz Uživatelsky definované dotazy. Prvým parametrem dotazu by měla být proměnná pro zadání označení (jména, čísla) skupiny gelů. Další parametry mohou zpřesňovat prováděný výběr.
Modifikujeme parametry databáze (příkaz menu Systém > Nastavení, viz Konfigurace systému a používané soubory), kde přidáme následující nastavení:
NewGelSQL |
Jméno souboru SQL s definovaným dotazem (tento soubor je vytvářen v adresáři databáze po definování parametrizovaného dotazu). Doporučuje se použít tečkovou konvenci (obdoba označení umístění souborů s obrazem gelů) pro možnost použití programu v síti - může se tak použít například zápis NewGelSQL=.\stromy_skup.sql |
NewGelName |
Označení jména pole pro jednoznačné označení gelu. Každý gel bude ve výsledném zápisu (v dále definované tabulce) označen navrženým řetězcem, jehož poslední znaky budou pořadovým číslem gelu v rámci skupiny gelů. Příkladem nastavení může být zápis NewGelName=GEL |
NewGelInsertT |
Číslo tabulky, do níž bude proveden zápis navrženého designu. Například NewGelInsertT=5 |
Dále se používají parametry GelCmpGelGroup, GelCmpID, GelCmpTree definované v rámci Porovnání více gelů.
Z menu zvolíme příkaz Zpracování > Generovat skupinu gelů, což vyvolá provádění dotazu definovaného v položce NewGelSQL - postupně zadáme hodnoty pro parametry, s nimiž je dotaz vyhodnocován. Výsledek dotazu (seznam vybraných stromů) se zobrazí v samostatném okně.
Postupně zadáme parametry pro design experimentu:
Počet opakování každého vzorku (1 [bez opakování] nebo více).
Počet vzorků na gel (tj. velikost jednoho gelu).
Univerzální standard: opakování na gel (0 [bez univerzálního standardu], hodnota musí být menší než polovina velikosti gelu).
Pojmenování gelů (zadá se řetězec, který spolu s jednou až více číslicemi bude jednoznačně identifikovat gel).
Jeden nebo více parametrů pro identifikaci univerzálního standardu (pouze pokud je tento používán).
Zobrazí se okno Nová skupina gelů s náhodným designem nového experimentu, jako například:
Tlačítko Tisk slouží k vytištění návrhu na zvolené tiskárně (použita bude jedna nebo více stran podle velikosti návrhu a použitého fontu).
Tlačítko Uložit je možno použít k uložení návrhu do textového souboru ve formátu csv, který je možno otevřít například v programu MS Excel.
Tlačítko OK provede zápis navrženého experimentu do tabulky definované v proměnné NewGelInsertT, poté bude okno návrhu uzavřeno.
Tlačítko Cancel slouží k prostému zrušení návrhu bez jeho uložení - okno bude uzavřeno.