Viz též Menu, Konfigurace systému a používané soubory, Jak porovnat klasifikaci na více gelech, Generovat skupinu gelů
Zjištěné záznamy o zastoupení isoenzymů u jednotlivých vozků (podle tříd pohyblivosti) jsou klasifikovány pro jednotlivé gely pomocí programu SeqAn (viz Propojení s programem SeqAn), přičemž výsledky je možno zapisovat zpět do tabulky hodnot (do pole CLAS), kde každá vyskytující se třída pohyblivosti je pro vzorek zaznamenána jedním velkým písmenem (první třída s nejnižší pohyblivostí je označena "A", další "B" atd., celý záznam může tak být např. "BCF"). Problém je porovnání více gelů, kde stejné isoenzymy (stejné třídy pohyblivosti) mohou být označeny různými písmennými symboly. Porovnání více gelů tak lze provést tehdy, pokud je na dvojici gelů minimálně jeden společný vzorek (v optimálním případě by společné vzorky měly representovat všechny třídy pohyblivosti zastoupené na porovnávaných gelech) a přitom celá porovnávaná skupina gelů je souvisle propojitelná takovými dvojicemi gelů. Porovnání více gelů se provádí ve speciálním okně, které je dostupné z menu Zpracování > Srovnání gelů.
Pro použití této procedury by měly být splněny následující předpoklady:
Tabulka gelů (T2) by měla obsahovat atribut pro označení skupiny gelů, které lze porovnávat (tento atribut by měl obsahovat unikátní hodnotu pro všechny gely náležející do jedné porovnatelné skupiny). Na typu tohoto atributu nezáleží (nejlépe číslo, řetězec nebo datum).
Vytvoříme SQL dotaz pro výběr z tabulek T2 a T3 takový, aby vracel minimálně identifikátor gelu, identifikátor vzorku, pozici vzorku na gelu a výsledek klasifikace (pole CLAS) - viz Uživatelsky definované dotazy.
Modifikujeme parametry databáze (příkaz menu Systém > Nastavení, viz Konfigurace systému a používané soubory), kde přidáme nastavení dle následující tabulky
GelCmpSQL |
Jméno souboru SQL s definovaným dotazem (tento soubor je vytvářen v adresáři databáze po definování parametrizovaného dotazu). Doporučuje se použít tečkovou konvenci (obdoba označení umístění souborů s obrazem gelů) pro možnost použití programu v síti - může se tak použít například zápis GelCmpSQL=.\skupiny_gelu.sql |
GelCmpGel |
Jméno pole pro jednoznačný identifikátor gelu. Zpravidla se jedná o zápis GelCmpGel=ID2 |
GelCmpGelGroup |
Jméno pole pro označení skupiny gelů. Tento parametr nemusí být přítomen, zvláště v případě, že používaný SQL dotaz takové pole nepoužívá. |
GelCmpID |
Jméno pole pro zápis polohy (pořadí) vzorku na gelu. Zpravidla se jedná o zápis GelCmpID=ID |
GelCmpTree |
Označení jména jednoho nebo více polí pro jednoznačné označení vzorku. Jednotlivá jména jsou oddělována znakem "|" (vertikála). Vhodné je toto označení kombinovat jako spojení jednoznačných identifikátorů záznamů tabulek T0 a T1, například GelCmpTree=ID0|TREE |
GelCmpClass |
Jméno pole pro zápis výsledků klasifikace pomocí programu SeqAn. Zpravidla se jedná o zápis GelCmpClass=CLAS |
Tyto parametry nemusí být zadány v případě, že není požadováno výsledky porovnání zapsat zpět do databáze.
Dále je možno provést vlastní porovnání pomocí příkazu menu Zpracování > Srovnání gelů, přičemž zadáme nejdříve požadované parametry stejně jako při vyhodnocování uživatelského dotazu. Dále se objeví vlastní okno Srovnání gelů pro porovnávání. Toto okno se skládá ze tří částí - Tabulka A (horní), která obsahuje vybrané údaje o těch vzorcích, které byly umístěny na více gelech; Tabulka B (spodní), která obsahuje všechny vzorky ze všech porovnávaných gelů; ovládací panel okna.
Po porovnání gelů je možné výsledky zapsat zpět do databáze (hodnoty klasifikací zapsané programem SeqAn za použití velkých písmen abecedy budou tak přepsány odpovídajícími záznamy vycházejícími z porovnání více gelů, přičemž bude použito malých písmen abecedy) použitím potvrzujícího tlačítka OK. Při použití tlačítka Cancel budou výsledky porovnání zrušeny (nebudou přepsány původní hodnoty).