Statistické vyhodnocení porovnání na více gelech

Viz též Menu, Konfigurace systému a používané soubory, Porovnání více gelů, Jak porovnat klasifikaci na více gelech

Statisticky lze vyhodnotit klasifikace na více gelech v rámci jedné skupiny gelů v návaznosti na Porovnání více gelů. Tato funkce je dostupná pomocí příkazu menu Zpracování > Srovnání gelů + statistika.

Poznámka: Pro správnou funkci tohoto příkazu je potřebné mít nastaveny proměnné databáze Enz_RelField a SeqAnOutput používané pro Propojení s programem SeqAn.

Po uzavření okna Srovnání gelů (k tomu je možno použít jak tlačítko OK, tak i tlačítko Cancel v případě, že právě nebyly prováděny žádné posuny mezi třídami na jednotlivých gelech) je zobrazeno vlastní okno Statistika srovnání gelů.

$image\stcomp1.jpg$

V tomto okně každý řádek odpovídá jednomu gelu a každý sloupec jedné třídě pohyblivosti. Každá třída pohyblivosti je doplněna počtem odpovídajících hodnot klasifikovaných v rámci této třídy. Výskyt jedné třídy na gelu je vyznačen příslušným boxem, kde je uveden počet odpovídajících vzorků n, naměřený průměr hodnot Rf (po jejich případné transformaci v programu SeqAn) - Avg a jejich směrodatná odchylka - Std. Zobrazené počáteční hodnoty jsou zpravidla navzájem neporovnatelné.

Postup srovnání statistik na jednotlivých gelech

Následuje postupné použití tlačítek na spodní ovládací liště okna v pořadí, ve kterém jsou na liště uvedeny.

Poznámka: Pokud se dále mluví o výběru tříd, tak ten se provádí zaškrtnutím příslušného check-boxu v záhlaví tabulky. Hodnoty v záhlaví (takzvaná váha třídy) pro každou třídu (každá je uvedena vedle příslušného check-boxu) je možno změnit po dvojitém kliknutí myší na ploše boxu dané třídy.

$image\stcomp_b1.jpg$ Centrovat gely: Ke všem průměrům na daném gelu bude přičtena taková konstanta, aby průměr všech označených tříd na tomto gelu byl roven průměru vah označených tříd. Tato konstanta je postupně vypočítána a aplikována pro všechny gely. Předem je potřebné stanovit, pro jaké třídy bude výpočet proveden - Doporučuje se použít takové třídy (jedna nebo více), které jsou zastoupeny na všech gelech. Je vhodné, aby všechny váhy tříd byly stanoveny rovny 0.

$image\stcomp2.jpg$

Hodnoty všech průměrů budou přepočteny, původní hodnoty budou uvedeny jako Avg0 (případně Std0).

$image\stcomp_b2.jpg$ Příprava regresního vyrovnání: Jedná se o pomocný krok, který nastaví váhy tříd a označí všechny třídy k dalšímu použití.

$image\stcomp3.jpg$

$image\stcomp_b3.jpg$ Regresní srovnání gelů: Pomocí lineární regrese budou vyrovnány průměry pro všechny zastoupené třídy samostatně na každém gelu. V rámci tohoto kroku jsou přepočítány průměry Avg i směrodatné odchylky Std.

$image\stcomp4.jpg$

$image\stcomp_b4.jpg$ Porovnání průměrů: Po zmáčknutí tohoto tlačítka budou vybarveny ty třídy na určitých gelech, kde aritmetický průměr pro třídu na daném gelu se liší od průměru na všech gelech o více jak o nastavenou limitní hodnotu. Vyznačené třídy označují potenciální možnost změny klasifikace daného gelu ve smyslu přesunu hodnot uvedené třídy do třídy vedlejší (což lze řešit opakováním porovnání více gelů). Není-li přímý přesun možný, je vhodné uvažovat o sloučení se sousední třídou (řeší se pomocí klasifikace hodnot jednoho gelu v programu SeqAn) nebo o vytvoření celé nové třídy v rámci celé skupiny gelů (opakováním porovnání více gelů).

$image\stcomp5.jpg$

Poznámka: Toto tlačítko lze použít opakovaně s různě nastavenými limitními hodnotami. Lze jej použít též v okamžiku po centrování gelů, které je často dostatečné pro vyhodnocení skupiny gelů - regresní srovnání tak nemusí být použito.